Sekretariatet er Studievalg Danmarks fælles sekretariat. Sekretariatet skal blandt andet:

• løbende udvikle studievalgsopgaven
• understøttel samarbejdet med de videregående uddannelsesinstitutioner og med ungdomsuddannelsesinstitutioner
• understøtte tværgående koordinering og samarbejde mellem de syv centre i Studievalg
• håndtere budgetter, årsregnskaber, samt mål- og resultatplaner

Sekretariatet er placeret i Odense sammen med Studievalgs Center Fyn.