I moderne fly foregår det meste af flyvningen ved hjælp af en avanceret computer, den såkaldte automatpilot. Piloternes opgave er overvejende at overvåge instrumenterne og sikre, at flyvningen forløber planmæssigt, eller om nødvendigt at gribe ind ved uregelmæssigheder.
Forud for en flyvning indhenter piloterne relevante oplysninger. Det er oplysninger om vejret, den rute, der skal følges, eventuelle forsinkelser og restriktioner i luftrummet og lufthavnene, passagertallet og fragtmængden.
Preflight check - Piloten checker flyets elektriske systemer inden afgang.
Inden starten skal piloterne udarbejde en driftsflyveplan med oplysninger om rutecheckpunkter, højder, luftfartøjets vægt og balance med videre. Inden flyet letter, skal dets tekniske systemer og udstyr samt brændstofforsyningen tjekkes. Funktionerne udføres efter indarbejdede rutiner.
Piloter, der flyver på fjernruter, har skiftende arbejdstider og må være hjemmefra i kortere eller længere tid. Arbejdet kan være stressende i situationer, hvor der skal træffes hurtige beslutninger. På fjernruterne rejser piloterne gennem flere tidszoner, hvilket kan påvirke søvnrytmen.
Moderne fly kan sagtens foretage fx en perfekt computerstyret landing i tåget og usigtbart vejr. Ofte udfører piloterne dog starter og landinger manuelt. Det sker primært for at vedligeholde håndelaget.
Under flyvningen står man i stadig radiokontakt med flyveledelsen. Kommunikationen foregår normalt på engelsk. Almindeligvis skiftes kaptajn og styrmand til at styre flyet og passe radio og navigation.
I fly af ældre dato samt i Flyvevåbnets helikoptere omfatter flybesætningen også en flyvemaskinist. Som flyvemaskinist betjener du det tekniske apparatur i flyet.
Flyvemaskinister er flymekanikere eller piloter, som har videreuddannet sig og fået certifikat (F-certifikat) til en bestemt flyvemaskine.
Under flyvningen overvåger flyvemaskinisten flyets tekniske installationer samt motor-, flyve- og navigationsinstrumenter under alle faser af flyvningen.
Flyvemaskinisten deltager også i radiokommunikationen om bord på flyet, rapporterer til den øvrige cockpitbesætning, hvad instrumenterne viser, og gør med jævne mellemrum notater herom i journaler.
Piloter, der er uddannet inden for militæret (flyvevåbnet, hæren eller søværnet), kan få trafikflyvercertifikater ved at uddanne sig på en godkendt flyveskole. Uddannelsen tilrettelægges individuelt og afsluttes med en praktisk prøve over for Statens Luftfartsvæsen.
Nogle piloter har certifikat til at flyve helikopter. De arbejder i høj grad med transportopgaver til og fra oliefelterne i Nordsøen, på Grønland eller (som noget helt nyt) med akutlægehelikoptere.