Farmakonomer varetager flere arbejdsopgaver på et apotek eller et sygehusapotek, både i skranken og i det man kalder recepturen. De kan også varetage beslægtede opgaver i fx lægemiddelindustrien eller offentlige laboratorier.
I skranken, hvor kunderne bliver betjent, vejleder farmakonomerne om brugen af den ordinerede medicin og rådgiver om valg af håndkøbsmedicin, sygeplejeartikler og andre varer, som apoteket sælger.
De informerer også om tilskudsregler på medicinen, og om hvilke rettigheder man har som kunde/patient. Det er desuden en væsentlig del af arbejdet at informere om sundhedsfremmende og sygdomsforebyggende ydelser, som fx rygestop-kurser, diabeteskontrol m.v.
Recepturen er det sted, hvor recepterne bliver ekspederet. Der følger et stort ansvar i kontrollen og ekspeditionen af recepter. Farmakonomerne kontrollerer, at kunderne får udleveret den rigtige medicin ud fra lægens anvisninger i recepten.
De administrative opgaver består blandt andet i personaleledelse, undervisning af farmakonomelever, varebestilling, lagerstyring, dekoration af vinduer, daglig kasseopgørelse og bogføring samt opdatering af særlige kartoteker og statistikker.
Nogle farmakonomer arbejder på et apotek, der er tilknyttet et sygehus. Her deltager de i fremstillingen af lægemidler, i kvalitetssikring af lægemiddelfremstillingen og i produktionsplanlægningen i samarbejde med andre ansatte, fx farmaceuter. De kan endvidere arbejde med medicinservice og lægemiddelinformation ude på afdelingerne i samarbejde med andet sundhedspersonale.
Farmakonomer ansat i medicinalindustrien har opgaver inden for alt lige fra produktion, kvalitetssikring, konsulentarbejde, pakkeri, registrering, administration, salg og marketing til udvikling. Virksomhederne er meget forskellige og har mange måder at organisere arbejdet på.